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海峡联合研究院始建于2012年12月，面向农业农村现代化，围绕国家和区域重大需求，瞄准生物学前沿，加强基础研究、创新人才引育机制，凝聚了一批高层次创新人才，现有国家重大人才计划专家18人、国家杰青3人、国家优青8人、国家百千万人才2人，先后引进及培养国家级人才42人次，省级以上人才195人次。科研主力以80后为主，80%以上的学术带头人获得过省级以上人才称号。在生物学基础研究和原创性成果产出上成绩显著，是学校的“人才特区”和“创新高地”，被《光明日报》誉为“校园‘硅谷’”。

海峡联合研究院现有基因组学、蛋白组学、代谢组学、根系生物学、植物免疫、合成生物学、农林大数据、遗传改良、农业人工智能9大研究中心和37个科研团队，拥有完善的软硬件科研、教学平台，现有实验室面积近2万平方米、温室1900平方米、各类实验基地300亩，拥有以高通量测序仪、质谱仪、高分辨率激光共聚焦显微镜、生物信息分析平台为核心的精密大型仪器55台。近年来，主持含国家重点研发、国家优青、国家基金重点项目等国家级科研项目共188项，各类项目累计获得科研经费近3亿元。以福建农林大学为第一单位发表文章540多篇，其中在nature、science、cell三大顶级期刊上发表论文11篇。其中，以研究生为第一作者发表国际高水平研究论文310多篇。在国际顶级和业界公认的顶尖期刊发表论文100余篇。

未来技术学院成立于2022年4月，依托海峡联合研究院为办学主体，定位“高起点、精致化、研究型”，整合学校优势主干学科和国家级平台，瞄准未来10-15年的前沿性、革命性、颠 覆性技术，以生物育种为龙头、以多学科交叉科研模式为引领，全面深化新农科、新工科建设，探索拔尖创新型农林人才培养新模式的新形态学院。目前在读学生1270人，其中博士生125人，硕士生567人，本科生578人。2024年自生物育种、生物安全、农业人工智能、农林大数据等专业（科招）学收硕博士研究生。

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